همانند هر عمل جراحی دیگری امکان خطرات فوری و دراز مدت در جراحی چاقی هم وجود دار این موارد شامل:
خونریزی
مشکلات مربوط به بیهوشی و داروها
ایحاد لخته خون در عروق عمقی پا
عفونت
نشت از محل بخیه های داخل شکم
ذات الریه
آسیب طحال
جراحت یا تنگی در محل آناستوموز
آمبولی ریه
آنفارکتوس قلبی
مرگ
